El laboratorio Oceanográfico de Baleares, entonces laboratorio Biologicomarino de Portopí, en 1914 abrió una segunda época de actividad que se cierra en 1926 con el traslado del laboratorio a s’Aigodolça. El 31 de mayo de 2016 se publicó en este mismo blog un post “El laboratorio Oceanográfico de Baleares en su primera época: El Laboratorio Biologicomaríno de Portopí (1906-1914)” en el que se relataba la actividad del laboratorio en su primera época.
En 1914, la creación del Instituto Español de Oceanografía y la constitución, en 1919 en Madrid, de la Comisión Internacional para la Exploración Científica del Mar Mediterráneo (CIESMM) con sede en Mónaco, supusieron un importante impulso para la investigación marina en España y en el Mediterráneo en general y en consecuencia para el Laboratorio de Palma. Se puede afirmar que en ese momento y en esas circunstancias se inicia la oceanografía en España y se abre la segunda época del Laboratorio de Portopí.
Esta segunda época comienza con una serie de campañas oceanográficas españolas realizadas con grandes buques. Estos buques ya estaban equipados con potentes sistemas de toma de muestras y medición de parámetros físicos, geológicos y biológicos.
Las primeras de estas campañas se llevaron a cabo en el Mar Balear en 1914 y 1915 a bordo del cañonero Vasco Núñez de Balboa transformado en buque oceanográfico y contando con el apoyo del Laboratorio de Portopí. En relación a estas campañas, Odón de Buen comenta en sus memorias que: «Apenas creado el Instituto se organizó la primera campaña. El Ministerio de Marina puso a mi disposición un pequeño buque de 200 toneladas, el cañonero Vasco Núñez de Balboa. […] No había elegido el barco sino sus oficiales. En efecto, lo mandaba el capitán de corbeta Joaquín Montagut y era segundo de a bordo el teniente de navío Antonio Azarola, ambos de gran cultura, de aficiones científicas arraigadas […] Conmigo formaban el equipo científico, Jaime Ferrer Hernández, catedrático de química de la Universidad de Sevilla; Rafael de Buen, que lo era de la Facultad de Cádiz perteneciente a la misma Universidad, Alfonso Galán director del Laboratorio de Portopí y Antonio Becerra».
Los trabajos que Rafael de Buen realizó en estas campañas en la bahía de Palma fueron particularmente relevantes. Después de doctorarse en Madrid, Rafael de Buen se había especializado en el Museo Oceanográfico de Mónaco trabajando con Julien Thoulet (1843-1936). A su regreso, en 1913 inicio un proyecto de investigación centrado en el estudio de la sedimentología, los regímenes termales y la química del agua de mar que puso en práctica a bordo del Vasco Núñez de Balboa en la bahía de Palma de Mallorca. El resultado fue el «Estudio batilitológico de la Bahía de Palma de Mallorca» publicado por Rafael de Buen en el número dos de Memorias de Instituto Español del Oceanografía. Este trabajo fue reeditado en 2002 por el Gobierno de las Islas Baleares abriendo con ello una colección titulada La ciència a les Illes Balears.
Otro participante destacado en estas campañas fue el menorquín Jaime Ferrer Hernández (1883-1922), licenciado en farmacia por la Universidad de Barcelona y doctorado en ciencias fisicoquímicas por la Complutense de Madrid en 1907. Trabajo en el laboratorio de Portopi y en 1912, cuando era profesor en la Universidad Complutense y Jefe de la Sección de química del Instituto Español de Oceanografía, ganó la cátedra de Química orgánica de la Universidad de Sevilla. Jaime Ferrer trabajó en la preparación de patrones de agua de calidad para determinar la salinidad y el oxigeno disuelto en agua de mar y publicó artículos científicos de alto nivel. Murió prematuramente en 1922 a los 39 años.
A la muerte de Galán en 1919, Manuel Sánchez, doctor en ciencias naturales, fue nombrado director del laboratorio y Emilio Rodríguez López Neyra, catedrático de Historia Natural del Instituto de Palma, su ayudante. Pero en 1921 Manuel Sánchez renunció para poder continuar sus estudios en el extranjero y Emilio Rodríguez asumió interinamente la dirección del laboratorio hasta la llegada de Fernando de Buen que la asumiría durante un breve periodo. En 1922 se incorporó al laboratorio Francisco de Paula Navarro y en 1925, Miquel Massutí Alzamora, que se incorporaría como ayudante en 1927, empezó a frecuentarlo en calidad de becario. Estos dos investigadores dirigirían, años más tarde y sucesivamente, el laboratorio. Miquel Massutí Alzamora (1902-1950), se había licenciado en Ciencias en la Universidad de Barcelona en 1924 y se doctoró en la de Madrid en 1942.
Con posterioridad a las campañas del Vasco Nuñez de Balboa se realizo otra campaña en la que participaron activamente los científicos del Laboratorio de Palma. Fue la del aviso de guerra Giralda realizada a finales de 1920 y principios de 1921. El equipo científico, dirigido por el profesor Odón de Buen, estaba formado por Rafael de Buen, José Giral, Frutos Gila, Fernando de Buen, Victoriano Rivera, Luis Bellón, Álvaro de Miranda, Francisco Ferrer y Juan Cuesta. A este equipo se incorporaron el príncipe Alberto de Mónaco y los profesores Thoulet y Richard del Instituto Oceanográfico de Mónaco.
Francisco Ferrer, hermano de Jaime Ferrer, se había licenciado en ciencias naturales en Barcelona en 1908 y se doctoró en medicina en 1929 en la Universidad Complutense. También trabajo en Portopí y fue profesor de Ciencias Naturales en la Universidad Complutense e investigador del Museo Nacional de Ciencias Naturales. Estudió los espongiarios y describió algunas especies nuevas como Axinella mahoensis además de proponer el cultivo de Spongia officinalis en el puerto de Mahón. Murió en Barcelona en 1938 victima de un accidente de bicicleta en plena guerra civil cuando era profesor de la Universidad de Barcelona.